光绪二十一年十月，他令其亲信起草12道变法诏书，准备请光绪帝

光绪二十一年(1895)十月,翁同穌令其亲信陈炽起草了12道变法诏书,准备请光绪帝陆续颁布。西太后得知后,极为气愤,指责翁同穌揽权、狂悖,遂下令裁撤毓庆宫汉书房将翁同穌逐出毓庆宫。但他并不灰心,继续赞助维新变法。光绪二十三年(1897)十一月,康有为向光绪帝上奏了一封长达五六千字的奏折,请求光绪帝从速变法。遭顽固派阻挠,上书未能到光绪帝手中。康有为上书不达,翁同觚便多方周旋,后光绪帝命翁同斛等总理衙门大臣代为传话。问话中,康有为详细阐述了自己维新变法的理论,翁同穌表示赞同。翌日早朝,翁同觚向光绪帝汇报了询问康有为的情况,乘机将康有为夸奖了一番。光绪帝听后非常满意,且传谕康有为:以后有所陈奏随时呈上;命令总理衙门此后凡康有为的奏折可直接呈送。此后,光绪帝和维新派的关系日渐密切。

在这中间,康有为的奏折大多由翁同解呈送光绪帝;而光绪帝对康有为的询问,也大多都是通过翁同穌传达。光绪二十三年末(1897)沙俄强占旅大,光绪帝焦急万分。光绪二十四年(1898)一月二日,光猪帝召见王公大臣,极言时危,认为变法乃当务之急。顽固派大臣沉默不语,表示反对。翁同穌则大发感慨,积极支持光绪帝的变法主张,讥讽顽固派大臣在民族危亡之时麻木不仁。同年一月,康有为上书光绪帝,请求开办制度局。光绪帝表示赞同,翁同穌随声附和,并力荐康有为主持开办制度局。顽固派则纷纷起来反对,致使翁同穌等力主开设制度局的计划落空。光绪二十四年(1898)四月二十三日光绪帝颁布“明定国是”诏书,维新变法运动正式开始。

诏书是翁同穌亲自拟就的,前后曾数易其稿。维新变法运动正式开始后,顽固派极为恐慌,将矛头指向翁同穌,接二连三地上书弹劾翁同穌,结党乱政,揽权误国。西太后恐变法后影响自己的地位,削弱自己的权力,遂决定罢免翁同穌。翁同穌对于自己命运中发生的这一急剧变化,事前一无所知,他作梦也没想到自己会遭严惩。四月二十七日,是宣布变法的第四天,又恰巧是翁同觚六十八岁生日。这一天,天色阴沉,他和往常一样,未到天亮就来到朝房,和其他大臣一起静候皇上召见。一会儿,太监传呼诸大臣进宫,独嘱翁同穌勿入。翁同觚不觉心头一怔,凭着自己数十年的官场经验,他立即预感到将有不测降临到自己头上。他竭力抑制自己内心的惊恐和不安,正襟危坐,准备接受命运的安排。大约三刻钟过后,御前大臣出宫呼翁同穌听旨,翁同穌连忙跪拜在地。

当他听到最后的“姑念其毓庆官行走有年,不忍遽加严谴,翁同穌着即开缺回籍,以示保全”时,已老泪纵横,泣不成声。他颜颤危危地从地上爬起来,向寓所走去。第二天早晨,翁同穌按照规矩,不顾心中的悲痛,踉踉跄跄赶到西华门光绪帝从颐和园回宫的必经之地,跪在御道旁迎贺,准备向皇上叩头谢恩。光绪帝自翁同穌被宣布开缺回籍后,象着了“魔”似的,寝食俱废。这一天,他坐在步辇中,突然发现一老臣跪在御道旁连连叩首,定神一看,原来是自己的师傅翁同穌,顿时泪如泉涌,他多想和翁师傅再讲几句心里话,但是未及开口,车驾就已经浩浩荡荡过去了。这是翁同穌与光绪帝的最后一次见面。当天晚上,光绪帝命令太监给翁同觚送来了赐给军机大臣端午节的葛纱、围帽等物。翁同穌言自己已被逐出军机,表示不敢受领。

太监说:“奉皇上旨意仍赏。”面对赐物,翁同穌回顾了二十多年来自己与光绪帝的君臣之情、师生之谊,又次涕泪纵横。翁同穌的被逐,引起了部分赞许维新变法的官僚士大夫的同情。许多人纷纷前往翁宅劝慰。言谈中,翁同觚依旧话维新”。翁同觚的言行更进一步引起了顽固派的忌恨,企图加害于他。五月六日,有人参劾翁同穌与人“纳贿平分”。西太后下令“严责以当办”。幸得光绪帝一手回拒及其他大臣极力谏阻,方才得免。鉴于此,张謇力劝翁同觚迅速离京,免遭不测光绪二十四年五月十三日(1898),翁同穌怀着无比沉痛的心情,辞别了生活大半辈子的王都帝京,踏上了南归故里的旅途,正式脱离了维新变法运动。光绪二十四年(1898)五月十八日,翁同穌回到了故乡常熟。翁同穌数十年仕宦京华,薪俸优厚,但大都用于购买书画和应酬,从未在原籍添置产业,回到家乡,无屋可居,无地可耕,无奈只好租赁城中塔前街的三间闲房居住,又从当铺中租借了一套日用什物急用。

这正如他自己所作的诗云:“自我归田庐,田庐无可归;赁屋方塔下,闭户聊息机。”翁同穌一踏上故土,就发生了西乡农民抗租抢粮事件。是年常熟、昭文两县由于出现了百年不遇的大旱,庄稼大部枯死。但地主、官吏仍巧取豪夺、层层盘剥,农民不堪其苦,遂群起抢劫大户,抗交租税。于是,常、昭两县县令急调重兵弹压。翁同穌得知事件真相后,立即致函常、昭两县县令,告诫他们“不可将饥民当乱民”、“不可逮杀诛戮”。同时又写信给冮苏巡抚奎俊(字乐峰)和两江总督刘坤—(字岘庄),请他们拨米三千石,急行赈济;还支持官吏、绅士编查缺粮户册,主持平粜。由于翁同穌的奔走努力,事件迅速平息。西乡农民免遭荼炭,对翁同穌不胜感激。翁同穌回乡后的第二个月,到江西南昌小住,看望他的大嫂和任江西按察使的侄子翁曾桂。此时,由于顽固派的破坏,维新变法运动正在由兴盛转向失败。当他看到西太后再度训政的电传圣旨后,顿时“战栗罔知所措”。当他听到光绪帝被囚,“六君子”被杀的噩耗时,“心悸头眩,几至投地”。于是,匆匆起程返回常熟。